‘고도 교토의 문화재’ 중 하나로 유네스코 세계문화유산에 등재된 진언종 오무로파의 총본산. 헤이안 시대 전기인 닌나 2년(886), 제58대 고코 천황의 칙원으로 건립이 시작되어 다음 대 우다 천황에 의해 닌나 4년(888)에 창건되었다. 절 이름인 닌나는 연호에서 유래했다.
우다 천황은 간표 9년(897)에 양위한 뒤, 후에 닌나지 제1세 우다(간표) 법황으로 입사했다. 경내에 오무로를 마련해 거주한 데서 오무로고쇼라 불리게 되었고, 이후에도 황족이 대대로 주지를 맡는 몬제키 사원으로서 높은 격식을 자랑했다.
경내 안쪽에 있는 금당은 모모야마 시대에 지어진 교토 고쇼의 시신덴을 에도 시대 전기인 간에이 연간(1624−1645년)에 이전한 것이다. 당시 궁전 건축을 오늘날에 전하는 귀중한 유구로서, 닌나지에서 유일하게 국보로 지정되어 있다. 당 내부에는 본존인 아미타삼존상을 비롯해 사천왕상과 범천상 등이 안치되어 있으며, 벽에는 정토도가 극채색으로 그려져 있다.
신덴, 하쿠쇼인, 레이메이덴 등의 전각과 북정원, 남정원, 다실로 이루어진 고텐은 과거 우다 천황의 오무로였다. 메이지 시대부터 다이쇼 시대에 걸쳐 재건된 것으로, 건조물은 국가 등록 유형문화재로 지정되어 있다.
넓은 경내에서도 특히 눈길을 끄는 것은 높이 약 36m의 오층탑이다. 간에이 21년(1644)에 세워졌으며, 같은 시기에 건립된 도지의 오층탑과 함께 에도 시대 전기를 대표하는 명탑으로 알려져 있다. 각 층의 지붕 너비와 층고 차이가 크지 않은 단정한 모습이 특징으로, 바로 아래에 서서 올려다보면 그 뛰어남을 실감할 수 있다. 교토 제일의 늦게 피는 벚꽃으로 알려진 오무로자쿠라와 함께 닌나지를 상징하는 존재다.