崎津教會所處的地區現今是一個寧靜的漁村，早期卻是「潛伏基督教街」之村的崎津集落，在動盪的時代中倖存下來。佇立於中心處的哥德式塔樓教會就是崎津教會。
進入明治時代，1873年解除禁解令後，居民回歸天主教，1888年建立了木造的崎津教會。該教會因老舊朽化，1934年在傳教士哈爾布神父的指導下移轉，現今的西式莊嚴的教會為後來新建之物。新教會所在位置是早期庄屋役吉田家舊址，當時執行「繪踏」的地點現在成為祭壇。建築工程由長崎木工名匠的鐵川與助負責。位處面對港口之處而有「海之天主堂」之稱。
教會內部有美麗的彩繪玻璃，地板舖設日式榻榻米而非座椅也相當少見。參觀教會內部須事先預約，教會舉行活動期間不開放參觀。
教會所在地的崎津集落，於2018年以「長崎與天草地區隱密基督教徒相關遺產 」的一部份登錄於聯合國教科文組織的世界遺產。
集落的高台上的崎津諏訪神社，在禁教時代是隱密基督教徒的秘密信仰之地。
內部舖設榻榻米的哥德式教會。建物內部禁止攝影。
位於寧靜漁村中央
映照在立於教會附近海岸上的瑪麗亞像的夕陽，名列天草夕陽八景之一。
崎津集落以「長崎與天草地區隱密基督教待相關遺產」的一部份登錄於世界遺產。
崎津集落導覽中心為崎津集落參觀據點。
港口旁邊的小漁村內，了解基督教文化在日本的歷史，鄉下地方交通不是太便利。
