Bên trong công trình được bảo tồn khá nguyên vẹn. Khi bước vào những căn phòng trải chiếu tatami và không gian bằng gỗ, dường như có thể cảm nhận được bầu không khí lịch sử cuối thời Mạc phủ. Bên trong trưng bày nhiều tư liệu lịch sử về cuối thời Mạc phủ, đồng thời có một số trò chơi tương tác nhỏ giúp khách tham quan tìm hiểu lịch sử và đời sống khi ấy một cách nhẹ nhàng hơn.
Phủ Hakodate được xây dựng vào năm 1864, là cơ quan hành chính quan trọng do Mạc phủ Edo thành lập nhằm tăng cường việc cai quản và phòng thủ vùng Ezo, đồng thời cũng là một cứ điểm quan trọng của Mạc phủ ở phía Bắc. Sau đó, cùng với Chiến tranh Boshin và sự chấm dứt của chính quyền Mạc phủ, cơ quan này đóng cửa vào năm 1869. Công trình hiện nay được phục dựng dựa trên các bản vẽ, tài liệu và hình ảnh còn lưu lại từ thời đó, giúp chúng ta đến gần hơn với lịch sử cuối thời Mạc phủ thông qua việc trực tiếp tham quan.
